武藤游戏将最后的一块积木拼上去，完成了这个倒转四角锥体的千年积木后，游戏体内的另一个自己「无名法老王」却在这时苏醒了……可是在另一个地方，与此相似但不是正道的另一个千年积木却因此?生了共鸣，它是个朝上的四角锥体。在埃及的沙漠地底深处，一个古老的邪恶灵体因此从长眠中苏醒过来。「我是胡狼头神。我要消灭法老，同时亦要造出一个新法老来」。这个是在几个世纪前被法老王击败的胡狼头神，为了击败游戏将世界据为己有，而重回世间展开复仇大计。最后，游戏和他的朋友们能否在地球被时间的沙粒所淹没前，击倒史上最强的敌人呢？